（一）经济外向依存度高，自主创新能力不足
1.贸易方式仍以加工贸易为主
加工贸易和一般贸易依然是江苏省高新技术产品出口的主要贸易方式。与西方发达国家相比，我国经济发展以及许多领域的技术水平相对滞后，但有着丰富的劳动力资源。因此，很多地区不可避免地利用劳动力资源优势，大力发展劳动密集型加工贸易。同样的，在高新技术产业高速发展的过程中，江苏省高新产品贸易中八成以上为加工贸易出口。长期以来，加工贸易一直占居江苏省高新技术产品出口的主导地位。2013年江苏省以加工贸易方式出口高新技术产品1066亿美元，占同期江苏省高新技术产品出口总值的82.4%。同期，江苏省以一般贸易出口高新技术产品136亿美元，仅占同期江苏省高新技术产品出口总值的10.5%。
而且，由于目前我省出口产品中具有自主知识产权的产品非常少，有些产品虽然拥有自己的品牌，但出口产品的利润低，处于国际分工的底端。因此，高新技术企业其实是劳动密集型企业，我省高新技术的加工贸易仍处于产业链的低端。
2.以外资为主体不利于出口的发展
现状中提到外资企业是江苏省高新技术产品贸易的主体，且是本省高新技术产品贸易顺差的主要来源。调研发现，目前落户江苏的外资高新技术企业，大多是跨国公司的子公司，几乎由国外的总部控制其生产和布局，在早些年前低成本优势的推动下，出口快速增长，生产能力逐步饱和；而在中国经济环境发生变化时，外资企业的战略布局也相做出了相应的调整，导致新增出口能力减弱，可持续发展后劲不足，直接影响江苏省高新技术产品进出口增速放缓。
与此同时，外商投资企业与加工贸易方式的结合度的不断加深，加剧了加工贸易本身所具有的“飞地”特征，生产所需的原材料及中间产品绝大部分来自国外，产成品也主要销往国外，与国内的整体产业关联度不高。这就使本土高新技术产品出口发展非常容易受到国际分工变化和国际市场波动的影响，不利于出口贸易的健康发展。
并且，外商投资企业所带来的“挤出效应”也给省内高新技术产业的发展带来了负面影响。所谓外资的“挤出效应”，是指外资与中资企业争夺有限的能源、资本、人才等生产要素和市场，使得优质要素向外资企业倾斜，挤压本土企业的利润空间和生存空间。在中国，外资进入的行业主要是竞争性行业或市场化程度较高的产业。在这些产业中，外资企业因享受种种优惠从而加剧了FDI（外商直接投资）的挤出效应。特别是一些生产效率并不高的外资企业通过各种超国民待遇在国内市场获得竞争优势，挤压了更有效率的本土企业。其后果将不可避免地降低整体行业的效率，与引进外资的初衷背道而驰。许多外国企业将本国的商品生产搬到中国，目的不仅利用中国的能源，也利用中国廉价的人力资源，在占领中国和世界其它市场的同时也大量返销本国。其结果虽然造成表面上的贸易顺差，但真正的利润却流到国外了。因此，江苏省高新技术产品出口对外资企业的高度依赖性值得警惕。
3.企业缺乏自主创新能力
上文已经提到，江苏省通过一般贸易出口的份额很低，这就说明了江苏省高新技术产品的生产方式仍然是以来料加工，进料加工，来件装配为主，如果要扩大出口规模，就只能大规模进口零件和生产设备。
之所以有现在这样一个状况，一方面是创新机制不完善。由于江苏省甚至是中国的绝大多数企业没有形成一个技术创新的主体，没有独立建立自己的科技研究场所，没有树立一个高效的科技研究人员的激励机制是密不可分的。除了在企业创新中占核心地位的高新技术创新外，政府在管理创新，组织创新上也和外资企业有很大的差距。
另一方面是企业缺乏自主创新能力。据有关资料分析，江苏省出口的高新技术产品中，只有10%左右具有自主知识产权，90%是利用跨国公司带来的技术。可以说，本土高新技术产品参与国际竞争，大部分利用的依然是价格优势。当今社会，国际贸易竞争方式日趋多样化，价格优势必定逐渐减弱，企业能否在国际市场上长期的立于不败之地，关键是看其是否能够拥有自主创新能力。正逐渐成为全球最大的制造基地的中国，却只有极少数企业在国际上有大的影响力。本土企业由于缺乏自主创新能力，就形成了在进口方面，原材料和初级加工品的提供具有垄断性特征，价格不断攀升，因此制造成本越来越高；而在出口方面，最终产品的提供具有完全竞争特性，高技术产品在国际市场上没有主动定价权。
如果不提高自主创新能力，就无法实施产业结构的升级和优化。如果只是被动地承担产业转移的结果，被动地任由产业结构发展，我省的高新技术产业将只会停留在全球贸易产业链的低端，不利于整体经济的长远发展。
（二）研究与开发资金投入不足
1.融资途径不完善
资本市场发育不健全，融资渠道比较狭窄，没有足够的资金支持，这三方面已经成为现在发展高新技术产业出口贸易发展的重要问题。全省科技贷款400多亿元，仅占银行款余额的1%左右，传统商业银行的安全性、流动性、盈利性的经营准则与科技创新的高风险存在矛盾和冲突。目前，江苏省拥有的创业风险投资机构超过150家，管理资本总量将近500亿元，位居全国首位，但仍然不能更好的满足省内高新技术产业迅速发展的需求；整体的创投机构规模偏小，创业投资机构资金规模达到5亿元以上的只有9.1%左右。创业板市场规模过小，因此导致技术创新的财政支持，只能更依赖于政府，尤其是科技型中小企业很难获得金融系统的支持，许多有市场潜力的创新成果无法产业化，主要的原因是缺乏资金支持。所以，从总体上看，金融支持并没有有效地推动高新技术产业的发展，科技金融发展滞后。
2.R&D资金投入过少
年来，江苏科技创新能力不断提高，但总体而言，还是引进技术多、消化吸收再创新少，模仿创新多、原始创新少，技术创新多、商业模式创新少。江苏已进入向工业化后期过渡的阶段。国际比较研究表明，经济发展的不同阶段对R&D活动有着不同的的内在需求，当一个国家和地区的人均GDP在1000一5000美元时，是以技术的消化、吸收、改进为主的阶段，R&D经费占GDP的比例大于1%；当人均GDP超过5 000美元以上时，进入以技术创新为主的阶段，R&D经费占GDP的比例一般超过2%。2012年江苏人均GDP已达7 700美元，但是江苏省R&D经费投入占GDP的比重还不到1.8%。R&D经费投入偏少已经限制了高新技术产业的发展。
从现实需求和发展阶段角度分析，江苏已到了以自主创新支撑和引领发展的重要阶段，必须加快转变产业发展模式，由技术引进为主向消化吸收再创新转变、提高自主核心技术的占有率，由跟踪模仿为主向自主创新转变，由产业的跟随者转变为产业发展的引领者。
3.政府财力有限
我国高新技术产业的发展一直过于依赖财政拨款，投入科技开发、应用的经费绝大部分来自政府。然而目前我国财政收入约占GDP的11%左右(西方国家大约在30%左右)，这一有限财力主要应用于支撑我国国民经济的整体发展，难以抽出更多资金用于高新技术产业发展。政府科技投入与财政拨款的比重正呈逐年递减的趋势。
四、江苏省高新技术产业出口贸易发展的应对策略
（一）企业层面
1.企业需增强自主创新能力
企业应以国际市场为导向，扩大具有自主知识产权的高科技产品的出口，持之以恒的培养自主创新能力。加工贸易一直作为江苏省高新技术产品出口的主导地位，这种情况将不利于我省高科技产品平稳较快的发展。加工贸易的发展必须把重点放在吸引跨国公司更高的技术水平，更大增值空间的加工制造环节和研发机构转移到我省，引导加工贸易转型升级。但市场并不能换取真正先进的技术，省内高新技术企业，必须着眼于独立发展自己的核心技术，在国际化进程中不要只关注于增加出口量，而应更多地投入提高出口高新技术产品的自主知识产权含量，并有效利用相关知识产权的信息，将知识产权机制引入到开发，生产，营销和服务的全过程，以减少出口的知识产权风险，从而抓住机遇。
2.推进实施市场多元化战略
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