1.有利于提高通关速度
大大加快了进出口货物的通关速度，提高了海关工作效率。以空运快递货物为例，实现了飞机在境外起飞后立即将空运单数据通过国际网络传送到我国海关，班机未着地前快递公司已收到海关的货物放行通知。除少数晚上到达的班机外，一般都能做到当天放行。这是原来的手工申报方式无法比拟的，从而彻底解决了快递货物放行速度问题。
2.有利于海关集中力量加强对货物的实际监管
EDI与电子商务提高了海关处理业务的自动化程度，大量海关人员得以摆脱繁重的书面单证的审核工作，从而可以将更多的力量集中到对进出口货物的实际查验工作中去，使海关的货物监管工作得到真正的加强，海关的人力资源得到了合理配置。
3.有利于提高海关管理的整体水平
海关EDI与电子商务系统是在海关规范化管理和海关业务专家的管理经验基础之上开发的。系统一旦在全国推广使用，就会将规范化的管理和业务专家的管理经验普及到每个口岸海关，从而使全国海关的执法尺度整齐划一，并使全国海关的管理水平整体提升到海关业务专家的水平。对于一票货物而言，无论它在哪个口岸进出口，都将按同样的监管方式得到处理，并受到同样水准的海关服务。
4.有利于海关廉政建设
EDI与电子商务使企业能在自己的办公室内完成货物的进出口手续，海关对货物的处理意见又都是通过计算机系统进行传递的，因而是减少了海关关员与企业的直接接触，大多数货物做到了“通关不见面”，这有利于海关的廉政建设。
商界用户的效益：
1.简化手续，节省人力
人工申报需要企业先到海关报关大厅进行书面文件申报，再到货物提货，而EDI使企业免去了上门申报这一环节，通关手续大大简化了。企业在自己的办公室里进行货物申报，使报关员在遇到业务或数据问题时可随时找到本单位有关人员的帮助支持，从而使申报工作变得十分方便。例如，中国图书进出口总公司原来要十多位报关员，天天往返首都机场海关办理报关业务，现在只需要两人，一周到机场两到三次即可完成所有报关业务。
2.减少单证，避免差错
据国际上保守的估计，在国际贸易交易费用中，繁琐的手续和众多的纸面单证产生的费用占货物交易价值的7%-10%之间。不仅如此，纸面单证的人工处理大大提高了出错机会，进而会影响货物的流通速度。而EDI与电子商务则能减少单证，避免差错，因为电子数据交换比纸面单证交换更迅速、更精确、更经济。与交易有关的信息以电子方式传输到全球只用几秒钟，而通过邮政部门传递纸面单证需耗时几天，甚至几周的时间。又由于电子数据可以用计算机能处理的格式进行传输，它可以在无人介入的情况下直接录入计算机系统，这就降低了出错的潜在危险，从而避免了数据的重复处理，提高了工作效率。
总而言之，无论是简化手续，节省人力，还是减少单证，避免差错，其最终结果是能节省人、财、物和时间资源，降低贸易成本，从而提高企业的市场竞争力。
8、实施无纸报关应考虑的几个问题
一是法律问题。首先是关于电子计算机报关单证(即电子数据）的法律效力问题:按我国现行法律规定,报关单位申报交验的各种单证,必须加盖报关单位的印鉴,方为有效。但实行无纸报关后,报关单位不再交验书面单证向海关申报,而是将有关单证通过电子传输进海关的计算机,进行申报。那么,报关单证只有电子签名,而没有加盖印章,是否有法律效力呢？所以,急需有法律来保障电子签名的法律效力。其次是关于电子数据是否可以作为证据的问题:当报关单位与海关发生诉讼时,海关中储存的报关单证转换成纸质硬拷贝后作为证据出示在法庭上是否可以被接受呢？我国现行证据条件还未明确规定,如果这个问题不解决,实行无纸报关后,海关的案件调查审理工作将难以进行。第三是关于海关对申报不实行为的处罚问题:对于报关单位由于主观原因造成申报不实的行为和对于报关单位的经办人由于工作疏忽造成申报不实的行为,已有《海关法》和《海关法行政处罚实施细则》作出了明确的处罚规定。而实行无纸报关后,会出现由于报关单位以外的单位非法使用电子计算机（有意或无意）,冒用该报关单位的名义进行海关申报造成申报不实的情况以及由于电子计算机本身故障或其它不可抗力的原因,客观造成申报不实的情况,我国还没有在法律中作出明确处罚规定,甚至对于海关是否可以直接进行调查处理都没有法律依据。
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