2.强制性规范与任意性规范。
任意性规范和强行性规范都是支撑公司法的私法结构的，但是，由于强行性规范减少，任意性规范增加，公司在选择适用规则上有了更多的自主权。从规范形式上看，应提高民事规范、任意规范和保护规范的比重，慎重拟订禁止规范。譬如，有限责任公司股东会的召开可以适用简易程序，经理仅作为任意设立的机关等，都较前更适应小公司的需要，符合公司自治的要求。
这次公司法修改增加了很多任意性规范，从公权利向私权利放权更多地体现在对公司章程重新定位和应有的尊重上，公司治理很多内容体现在对章程的理解和尊重上。
（三）完善法人治理结构方面
1.双轨制下监事会名不副实
现行公司法对于中国的公司治理模式规定为双轨制。把国家政治上三权分立结构引进到公司中，股东会为最高权力机关，董事会为最高决策机关，监事会为监督机关。我国的机构是平行的，股东大会下平行设立董事会和监事会。在实践中，93年公司法未能保障监事会的权能，使之欠缺有效的执行机制，难以控制股东滥用权利，加之监事的素质普遍偏低，造成监事会流于形式的情况比比皆是。（注10）
针对实践中监事会形式化的倾向，新公司法对监事会制度进行了大量的补充，如增加了监事会的职权，特别是当董事高级管理人员损害公司利益时监事提起诉讼的职权，规定了监事会的议决程序，明确了监事列席董事会会议并对董事会决议事项提出质询或者建议的职权。
2.公司管理人员的权力与责任的平衡。
93年公司法中董事、监事、高级管理人员的义务规定得不详细不明确，因而对董事、监事、高级管理人员侵害公司利益、损害股东权益的情形，不能在制度上施以有力的制裁与有效的禁止。新《公司法》专章规定了公司董事、监事、高级管理人员的资格和义务，明确公司董事、监事和高级管理人员对公司负有忠实义务和勤勉义务，其中明确系统地规定了董事、监事、高级管理人员对公司负有的忠实义务、勤勉义务和接受股东质询的义务。新《公司法》不仅为公司高级管理人员规定了更为详细的义务、责任，而且规定了具体可操作的责任追究方式，使公司高级管理人员承担责任真正落到了实处。新《公司法》规定：董事、高级管理人员违反法律、行政法规或者公司章程的规定，损害股东利益的，股东可以向人民法院提起诉讼；（注11）实施公司高级管理人员追究内部行政责任的有效机制，如监事会或不设监事会的有限责任公司的监事可对公司高级管理人员提出罢免的建议并享有向股东会或股东大会提案的权利，中小股东享有向股东会或股东大会提罢免案的权利。为防止公司的控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员等利用关联关系损害公司利益，新公司法规定了关联交易人的表决回避制度和损害赔偿责任。除了上述规定外，新《公司法》还授权股东通过公司章程对公司高级管理人员的义务、责任做出其他更为详细的规定，根据《公司法》的规定公司章程对公司高级管理人员具有约束力。
（四）健全中小股东利益的保护机制
1．“一股独大”下的中小股东。
公司法历来把最大限度地营利，实现股东利益最大化视为公司最高价值取向。公司法史乃是一部股东权保护史。我国当前股市投机性过强的重要原因在于，股东领取的股利甚少，物质股利仅具“精神鼓励”作用，有些公司甚至不分股利；为追求投资回报，只能寄希望于股票投机。为最大限度增进自身利益，股东有权在投资之时用钞票投票，在投资之后用手投票、用脚投票、用诉状投票。一些公司的大股东滥用“公司利益高于股东利益、股东长远利益高于股东近期利益”的理论，过分提取高额公积金，长期推行低股利甚至零股利的分红政策。公司经营层和控制股东能通过高薪、关联交易等方式攫取私利，却使许多小股东饱受其害。（注12）
2．大股东股东权的行使与中小股东利益保护之间的平衡。
传统的公司法理论一般遵守按照资本的大小来分配利润的原则。但现在公司法的一个长处就是把大股东和中小股东的利益再一次做了平衡，在好多问题上给中小股东更多的权利。新公司法关于有限责任公司加了一项，即可以按人数行使表决权。公司法还是要尊重资本与利润之间的关系，只能给中小股东以更多的机会，维护自己的利益。而以为强调保护小股东的权益，不根据股权的大小，而是根据人数的多少来决定，就不是现代意义上的公司了。（注13）
3．通过丰富股权权能来保护中小股东利益
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