第三、缺乏科学、系统的风险评估体系
科学系统的风险评估体系应该有确定的风险衡量标尺，对风险的单项评价和整体连续评价，以及对可测风险和不可测风险承受能力。国有商业银行由于管理部门分工过细，在对业务风险评估时由主管部门决定，缺乏整体性和宏观考虑，不能对不断变化的条件和环境作出反映。
（三）控制活动方面
国有商业银行立行历史悠久，在控制活动上建立了一套行之有效的制度，每个案件的发生，基本上都能找到当事人违法的控制条款，但是，为什么问题累见不鲜？主要存在以下几方面问题：
第一、对控制活动的认识有待加强
这里关键是一个认识问题，首先是管理层，拘泥于理论，侧重发展，将日常控制活动作为一个附加物，导致控制活动流于形式；另外，由于管理部门过多，责任界定不清晰，不可避免地会出现管理错位或推委扯皮的问题。
第二、执行层对制度理解偏差
在内控活动执行过程中，执行人员对制度的理解会出现偏差，主要原因：一是执行人员素质参差不齐，对制度的理解五花八门；二是管理部门指导性不够。。
第三、人员综合素质不高，缺乏系统培训
国有商业银行城市分行的员工个人学历基本在大专以上，年龄层次也较年轻，但是，综合业务素质和专业技能普遍不高。国有商业银行的培训主要是入行前的短期培训，以及工作期间的必要性培训，没有一个系统的培训体系，员工的知识更新主要来自于老员工提供的师承式培训和自我提高，因此，主要依赖员工的学习自觉性和师傅的素质，从而造成了员工素质的参差不齐，最终对内控活动的质量造成影响。
（四）信息与交流方面
内部控制体系的有效运作，还需要充足的信息和有效的交流，国有商业银行在信息方面，存在信息不及时和信息交流不通畅的问题：
首先，国有商业银行缺少一个完整的、系统的信息体系。国有商业银行缺少专门的信息中心，难以快速直接地获取外部信息；内部信息通过电子和手工两个途径传递，由于管理部门分离，各部门各汇总信息，无论是信息的质量，还是信息的时效，都差强人意。
其次，各部门、各分支机构缺乏充分的信息交流。在分行管理层，由于部门分离，受传统管理模式的影响，各自掌握了一部分信息，互相之间没有主动交流的习惯。在各支行之间，各支行独立经营，按分行不同业务主管部门分别传递信息，信息在支行之间是不共享的，尤其是存在的问题，各支行和各部门一般是选择不及时报或不报，能够到决策层的信息，往往是好的信息，或者是无法解决的问题，这对于内部控制活动的运行非常不利。
（五）监管活动方面
银行的有续、稳定发展，除了需要科学的控制活动外，还需要接受连续、有效的监管。巴塞尔协议原则11“高级管理层应对银行内部控制制度的总体有效性进行连续监管，以帮助银行实现其目标。对重大风险的监管应成为银行日常运作的一部分，并在必要时应对其分别进行评估”。国内商业银行的监管体系的差距主要体现为以下几点：
第一、内部审计机制不健全
内部审计机构在国有商业银行虽然是以独立部门的形式存在，但是，它与其他处室是平级关系，并没有直接服从于高层管理者，这势必对内部审计的权威性造成影响，致使其与分行其他管理部门和经营部门脱节，主要表现为：业务部门的规划新业务没有审计部门参加；业务部门变更规章制度，没有同时抄送审计部门；业务部门的信息没有与审计部门共享。因此，审计部门只能根据有限的资料，对业务部门的业务进行事后审计，而非连续性的有效监管。
第二、内部审计人员素质有待提高
根据巴塞尔协议要求，银行审计部门的人员必须是具有专业素质的综合型人才（原则12“应由合格的、训练有素的工作人员对内部控制制度进行有效的、全面的内部稽核．．．．．．”）。国有商业银行审计部门的人员是比较多，但是，人员素质距离上述要求尚有一段距离。一方面在计划经济体制下，由于审计部门对人员素质要求并不太高，因此，进入了部分关系人员，这些人基本不懂业务，留在审计部门的目的是没有市场压力；另一方面，大部分懂业务的人员，由于监管方式都是以书本为蓝本的审计，长期不接触一线工作，从而脱离了实际。
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